QGIS

voir l'analyse de JC PROTEAU pour le diagnostic

sur les solutions envisagées, étudier en particulier :
la possibilité d'utiliser de façon optionnelle des buffers par réglage d'un paramètre (défaut 10 -6) dans les fonctions d'opérateurs (Ftools, Processing, autre ?)

étudier la possibilité d'ajouter un opérateur type st_CentroidWithin() qui agirait comme Mapinfo (utilisation du centroid de la couche de départ si garantie qu'il est bien à l'intérieur dans le cas d'un polygone ou sur la ligne pour une polyligne (idem pour St_CentroidContains().

voir également une thèse sur le sujet.